Here is a list of all functions with links to the files they belong to:

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S

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V

W

- s -

• sample_haplotypes() : haplotypes_main.cpp
• seq_for_chain() : haplotypes_main.cpp
• set_reference_samples() : haplotypes_main.cpp
• set_tags() : gbwt_main.cpp
• short_mode_name() : prune_main.cpp
• step_1_build_gbwts() : gbwt_main.cpp
• step_2_merge_gbwts() : gbwt_main.cpp
• step_3_alter_gbwt() : gbwt_main.cpp
• step_4_path_cover() : gbwt_main.cpp
• step_5_gbz() : gbwt_main.cpp
• step_6_r_index() : gbwt_main.cpp
• step_7_metadata() : gbwt_main.cpp
• step_8_paths() : gbwt_main.cpp
• strip_suffixes() : giraffe_main.cpp
• subchain_intervals() : haplotypes_main.cpp
• subchain_statistics() : haplotypes_main.cpp
• subchain_to_string() : haplotypes_main.cpp
• swap_remove() : swap_remove.hpp