Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

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Q

R

S

T

U

V

W

X

Z

_

~

- i -

• I() : haplo::haplo_DP_rectangle
• id_map() : vg::algorithms::GFAParser
• id_sort() : vg::VG
• id_to_prefix() : vg::StreamIndexBase
• id_to_rank() : vg::Viz
• identify_aligned_splice_candidates() : vg::MultipathMapper
• identify_pinning_points() : vg::GSSWAligner
• identify_sources_and_sinks() : vg::MEMClusterer::HitGraph
• identify_supplementary_alignments() : vg::MinimizerMapper
• identify_unaligned_splice_candidates() : vg::MultipathMapper
• identity_translation() : vg::VG
• IdentityOverlay() : vg::IdentityOverlay
• immutable_path_from_length() : vg::MinimizerMapper
• in_nontrivial_chain() : vg::SnarlManager
• include() : vg::VG
• inclusive_interval() : haplo::hDP_gbwt_graph_accessor< GBWTType >
• increment_coverage() : vg::Packer
• increment_edge_coverage() : vg::Packer
• increment_node_ids() : vg::Paths, vg::VG
• increment_node_quality() : vg::Packer
• increment_progress() : vg::Progressive
• incremental_extend() : haplo::GBWTScoreProvider< GBWTType >, haplo::ScoreProvider
• incremental_find() : haplo::GBWTScoreProvider< GBWTType >, haplo::ScoreProvider
• IncrementalSubgraph() : vg::IncrementalSubgraph
• IncrementIter() : vg::IncrementIter
• index() : vg::StreamIndex< Message >
• index_edge_by_node_sides() : vg::VG
• index_to_node() : vg::Packer
• IndexFile() : vg::IndexFile
• IndexingPlan() : vg::IndexingPlan
• IndexRecipe() : vg::IndexRecipe
• IndexRegistry() : vg::IndexRegistry
• IndirectVectorView() : vg::IndirectVectorView< Item >
• info() : vg::Logger
• init() : vg::SpliceStats, vg::VG, vg::Viz
• init_coverage_bin() : vg::Packer
• init_edge_coverage_bin() : vg::Packer
• init_node_quality_bin() : vg::Packer
• init_snarls() : vg::Masker
• init_state() : vg::DinucleotideMachine
• init_traceback_indexes() : vg::BandedGlobalAligner< IntType >::BAMatrix
• initialize_chain() : vg::ZipCodeTree::distance_iterator
• initialize_sam_file() : vg::HTSWriter
• initialize_snarl() : vg::ZipCodeTree::distance_iterator
• input_group() : vg::IndexRecipe
• ins_predecessor() : vg::WFATree
• insert() : job_type, vg::BitStringTree< Item >, vg::BitStringTree< Item >::TreeNode, vg::HandleGraphNodeSet, vg::RecombinatorHaplotype, vg::SmallBitset
• insert_left() : vg::PhasedGenome
• insert_mapping() : vg::Paths
• insert_path() : vg::PhaseUnfolder
• insert_right() : vg::PhasedGenome
• insert_traceback() : vg::BandedGlobalAligner< IntType >::AltTracebackStack
• InsufficientInputException() : vg::InsufficientInputException
• IntegratedSnarlFinder() : vg::IntegratedSnarlFinder
• internal_max() : vg::ZipCodeTree::tree_item_t
• intersection() : haplo::int_itvl_t
• interval_size() : haplo::haplo_DP_rectangle
• interval_state_t() : vg::ZipCodeForest::interval_state_t
• IntervalUnion() : vg::IntervalUnion
• into_cutting_snarl() : vg::MultipathAlignmentGraph
• into_which_snarl() : vg::SnarlManager
• introduce() : vg::Funnel
• intron_length_log_likelihood() : vg::SpliceStats
• intron_length_score() : vg::SpliceStats
• invert() : vg::Counts
• invert_translation() : vg::algorithms::GFAIDMapInfo
• is_a_duplicate_handle() : vg::DozeuPinningOverlay
• is_a_duplicate_id() : vg::DozeuPinningOverlay
• is_ancestor_next() : vg::VG
• is_ancestor_prev() : vg::VG
• is_any_painted() : vg::Funnel::PaintableSpace
• is_child() : vg::NetGraph
• is_consistent() : vg::MultipathMapper
• is_correct() : vg::Funnel
• is_correctly_mapped() : vg::ReadFilter< Read >
• is_dynamic() : vg::Packer
• is_empty() : haplo::haplo_DP_column, vg::MemoizingGraph
• is_equal() : vg::ZipCode
• is_extendable() : vg::IncrementalSubgraph
• is_externally_end_end_connected() : vg::ZipCode
• is_externally_start_end_connected() : vg::ZipCode
• is_externally_start_start_connected() : vg::ZipCode
• is_farther_than() : vg::ZipCode
• is_finalized() : vg::FragmentLengthDistribution
• is_finished() : vg::IndexFile
• is_gref_derived() : vg::GrefCover
• is_gref_name() : vg::GrefCover
• is_head_node() : vg::VG
• is_head_or_tail_node() : vg::Paths
• is_in_range() : vg::StreamIndexBase
• is_intermediate() : vg::IndexingPlan
• is_leaf() : vg::SnarlManager, vg::WFANode
• is_mapped() : vg::ReadFilter< Read >
• is_new() : haplo::haplo_DP_rectangle
• is_novel_edge() : vg::AugmentedGraph
• is_novel_node() : vg::AugmentedGraph
• is_other_reference_view() : vg::Deconstructor
• is_ours() : vg::SourceSinkOverlay
• is_proper_pair() : vg::ReadFilter< Read >
• is_reverse() : vg::mapping_t, vg::position_t
• is_root() : vg::SnarlManager, vg::WFATree
• is_secondary() : vg::ReadFilter< Read >
• is_self_looping() : vg::VG
• is_skippable() : vg::algorithms::Anchor
• is_snarl_smaller_than_reads() : vg::Genotyper
• is_split() : vg::ReadFilter< Read >
• is_static() : vg::Range< Number >, vg::subcommand::RangeArgSpec< T, Receiver >, vg::subcommand::TickChainLink
• is_std_in_out() : vg::GAFSorterFile
• is_tail_node() : vg::VG
• is_traversable() : vg::LegacyCaller, vg::MCMCCaller
• is_trivial() : vg::SnarlManager
• is_valid() : vg::Range< Number >, vg::Sampler, vg::VG
• iteration_position() : vg::ZipCodeTree::distance_iterator::iteration_position
• iterator() : vg::PhasedGenome::iterator, vg::ShuffledPairs::iterator